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GROMACS安装教程:从下载到配置

来源:www.cdyxtjy.com 时间:2024-06-09 09:30:50 作者:欢迎教程网 浏览: [手机版]

本文目录一览:

GROMACS安装教程:从下载到配置(1)

  GROMACS是一款广泛应用于生物物理学、化学、料科学等领域的子动力学拟软件欢_迎_教_程_网。本教程将介绍如何在Linux系统上安装GROMACS。

一、下载GROMACS

1.1 进入GROMACS官网

  打开浏览,输入网址http://www.gromacs.org/,进入GROMACS官网。

1.2 下载GROMACS源代码

  在GROMACS官网的下载页面,选择最新版本的GROMACS源代码进行下载www.cdyxtjy.com欢迎教程网。可以选择.tar.gz或.zip格式进行下载,本教程以.tar.gz格式为例。

  1.3 解压GROMACS源代码

  将下载好的.tar.gz文件放到指定目录下,使用以下命解压:

tar -zxvf gromacs-2020.2.tar.gz

GROMACS安装教程:从下载到配置(2)

二、安装依赖软件

  2.1 安装CMake

  CMake是一款跨平台的自动化构建工具,用于控软件编译过程的生工具。使用以下命安装CMake:

  sudo apt-get install cmake

  2.2 安装MPI

  MPI(Message Passing Interface)是一种消息传递编程型,用于编写并行程序来自www.cdyxtjy.com。使用以下命安装MPI:

  sudo apt-get install openmpi-bin libopenmpi-dev

2.3 安装FFTW库

  FFTW(Fastest Fourier Transform in the West)库是一款用于高效计算快速傅里叶变换的软件库。使用以下命安装FFTW库:

sudo apt-get install libfftw3-dev

  2.4 安装BLAS和LAPACK库

  BLAS(Basic Linear Algebra Subprograms)和LAPACK(Linear Algebra Package)库是一些基本的线性代数子程序,用于高效计算矩阵和向量的运算。使用以下命安装BLAS和LAPACK库:

sudo apt-get install libblas-dev liblapack-dev

三、编译和安装GROMACS

3.1 创建编译目录

  在解压后的GROMACS源代码目录下,创建一个新的目录用于编译和安装欢迎教程网www.cdyxtjy.com。使用以下命创建目录:

mkdir build

  3.2 进入编译目录

  使用以下命进入刚创建的编译目录:

  cd build

  3.3 配置GROMACS

使用以下命配置GROMACS:

  cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON

中,-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON参数指定使用GROMACS自带的FFTW库,-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON参数指定下载GROMACS的归测试数据。

3.4 编译GROMACS

  使用以下命编译GROMACS:

  make

  3.5 安装GROMACS

使用以下命安装GROMACS:

  sudo make install

GROMACS安装教程:从下载到配置(3)

四、测试GROMACS

  4.1 运行示例程序

  使用以下命运行GROMACS自带的示例程序:

  gmx pdb2gmx -f ${GMXSHARE}/top/1aki.pdb -o 1aki_processed.gro -water spce

  中,${GMXSHARE}是GROMACS安装目录下的share目录。

  4.2 查看运行结果

  使用以下命查看运行结果:

  gmx editconf -f 1aki_processed.gro -o 1aki_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic

  使用以下命查看新生的文件:

  ls -l

五、总结

  本教程介绍了如何在Linux系统上安装GROMACS,包括下载GROMACS源代码、安装依赖软件、编译和安装GROMACS以及测试GROMACS欢~迎~教~程~网望本教程能够帮助读者顺利安装和使用GROMACS。

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